直肠黏膜下脓肿临床上少见。常因内痔注射不当或插钉过深，内痔发炎、肛腺感染所引起。患者自觉直肠内有沉重坠胀感，排便和步行时疼痛明显。全身感染症不明显，肛门外无任何病症可见，故常被误诊。肛内指诊时可触到直肠壁有圆形、椭圆形或条索状隆起，有触痛及波动感，脓肿大时不易触到上缘。这类脓肿向下扩散，由肛窦直肠黏膜穿入肠腔，偶尔也可穿入肛周皮下间隙形成皮下脓肿。