食管气管瘘的鉴别诊断包括以下方面：

1.临床表现：患者出现呼吸困难、反复发作性肺炎及喘鸣等症状时，需要考虑食管气管瘘的可能性。

2.影像学检查：胸部CT、胸部X线、食管造影等检查可帮助确认食管气管瘘的存在，并排除其他病变，如支气管扩张、支气管肺炎等。

3.气管镜检查：气管镜下可观察到气管和食管的病变情况，有利于确定食管气管瘘的位置和程度。

4.应用生物漆囊腔镜：可以观察到气管和食管病变的情况，同时也能活检取材进行病理检查。

食管气管瘘的鉴别诊断需要综合考虑患者的临床表现、影像学检查、气管镜检查和生物漆囊腔镜检查等多方面的信息，进行确诊和治疗。