低位肛门畸形是由于胚胎期间肛门的正常形成过程中出现问题引起的。在胚胎发育的早期阶段，肛门和泌尿系统的结构是相连的。随着胚胎的发育，肛门和泌尿系统最终分离出来，形成相互独立的结构。如果在这个过程中出现异常，就会导致低位肛门畸形的出现。

低位肛门畸形的具体原因尚不完全清楚，但有几个可能的因素可以解释其发生。

遗传因素可能在低位肛门畸形的发生中起到一定作用。有些研究发现，低位肛门畸形在家族中有聚集现象，表明遗传因素可能涉及其中。然而，具体的遗传机制仍然需要进一步研究。

环境因素也可能对肛门发育产生影响。一些研究表明，在孕妇接触到某些药物、化学物质或病毒感染等情况下，胚胎的肛门发育过程可能受到干扰，导致低位肛门畸形的出现。

某些疾病或病理情况也可能与低位肛门畸形有关。例如，胎儿在子宫内发育过程中患有染色体异常、染色体缺陷、代谢障碍等，可能与肛门的异常发育有关。

需要注意的是，低位肛门畸形可能是多因素综合作用的结果。不同的个体可能有不同的触发因素。因此，准确判断低位肛门畸形的具体原因对于预防和治疗具有重要意义。进一步的研究和了解肛门发育的机制将有助于揭示低位肛门畸形的发生原因，并开发更好的预防和治疗方法。