食管重复畸形是一种发生在胚胎发育早期的先天性疾病，主要是由于胚胎食管的异常分化和形态发育引起的。

在胚胎发育的第4周，原始胃管开始形成，然后分化为食管和胃。然而，当食管分化发生异常时，就可能导致食管重复畸形的发生。

食管重复畸形的具体引起原因目前还不完全清楚，可能与以下因素有关：

1. 遗传因素：有研究表明，某些遗传因素可能与食管重复畸形的发生相关。例如，某些基因突变和遗传变异与食管重复畸形有关。

2. 環境因素：胚胎发育过程中的环境因素也可能对食管重复畸形的发生起到一定作用。例如，母体在妊娠期间受到某些药物、化学物质或辐射的影响，可能会干扰胚胎食管的正常发育。

3. 胚胎发育异常：胚胎发育过程中，食管的分化和形态发育是一个复杂的过程，若其中任何一步出现异常，就可能导致食管重复畸形的发生。例如，食管的分化过程中，细胞的迁移、增殖和分化等过程发生障碍，可能造成食管的畸形。

食管重复畸形的发生可能与遗传因素、环境因素以及胚胎发育异常有关。目前，对于该疾病的具体发生机制和风险因素的研究还需进一步深入。