食管过短的鉴别诊断可以通过以下几种方法进行：

1.综合症状：食管过短常伴随着吞咽困难、反流性食管炎、胃食管反流等症状，可以根据患者病史询问以及体格检查得出初步的诊断。

2.影像学检查：通过胃镜、X线检查等方法，可以观察到食管的长度、扩张度等，判断是否存在食管过短的情况。

3.生物组织检查：通过食管活检或切片检查，观察组织病理学变化，确认是否存在食管过短的病变或狭窄等问题。

4.电生理检查：通过食管排空试验、高胃食管反流测试等方法，检测食管功能状况，判断是否存在食管过短的问题。

食管过短的诊断需要综合多种检查手段，结合临床症状进行分析，才能得出准确的诊断结论。